Het huidige orgel van de Sint-Romboutskathedraal werd ingespeeld op 16 november 1958. Hiermee zag Flor Peeters een oude droom gerealiseerd: de Mechelse kathedraal beschikte eindelijk over een volwaardig orgel, aangepast aan de toen geldende verwachtingen van een instrument dat zowel in de liturgie als in concertverband optimaal moest functioneren. Over het instrument zegt Flor Peeters het volgende : “De samenstelling van het gerestaureerde orgel van de Metropolitaanse kerk te Mechelen staat in het teken van traditie, continuïteit en ontwikkeling. Deze dispositie is geen getuigenis van een voorbijgaande mode maar wel een synthese, waarin een zo volledig mogelijk klankbeeld werd ontworpen, zodat de goede orgelliteratuur van alle tijden hierbij een ideale weergave kan vinden. Inderdaad, vanuit esthetisch oogpunt werd betracht alle mogelijkheden voorhanden te hebben om met voorkeur de ongemeen rijke, oude en klassieke orgelmuziek te kunnen vertolken, daarnevens ook de goede romantische literatuur haar plaats te geven en tevens de nieuwe klankkleuren van het hedendaags orgelidioom te kunnen dienen. Vooral het standpunt nastrevende om in dienst van het liturgisch gebeuren, de vocale gewijde kunst, het Gregoriaans en de polyfonie van de vijftiende tot de twintigste eeuw op de meest adequate wijze te kunnen illustreren en omspelen. De technische mogelijkheden van de zeer up-to-date speeltafel zijn legio en beantwoorden aan de vele eisen gesteld in samenwerking met kathedraalkoor en solistische noodwendigheden. Dat een Belgische firma de uitwerking van dit plan op zulk een hoog niveau wist te realiseren is ons een grote vreugde”.
De verste wortels van dit huidige instrument gaan tot ongeveer 1782 toen Egidius van Peteghem opdracht kreeg een nieuw orgel te bouwen voor de kathedraal. Het instrument (3 manualen met aangehangen pedaal in Frans-klassieke stijl) werd, evenals de vorige instrumenten gebouwd in het zuidelijk transept.
Rond 1850 werd het hoogzaal opgetrokken en het Van Peteghemorgel werd vanuit het zuidelijk transept overgeplaatst naar dit nieuwe hoogzaal. De firma Vermeersch uit Duffel klaarde deze klus, maar profiteerde van de gelegenheid om enkele veranderingen aan te brengen.
In het begin van de 20ste eeuw liet toenmalig organist en later meester van Flor Peeters Oscar Depuydt het orgel aanpassen aan de romantische tijdsgeest : aliquoten werden vervangen door meer strijkende registers zoals Gamba, Salicional, Voix céleste, Flûte harmonique enz...
In 1914 hadden de kathedraal en het orgel veel te lijden onder de bombardementen. Een stuk van de orgelkast en honderden pijpen werden verwoest. Een restauratie drong zich op. Onder toezicht van Jules Van Nuffel werd een nieuw instrument ontworpen met pneumatische traktuur, maar zoveel mogelijk gebruik makend van oud pijpwerk. In deze taak werd Van Nuffel bijgestaan door een orgelliefhebber uit Lille ‘Bédart’. Deze introduceerde hier een Amerikaanse nieuwigheid : de ‘Stenthorn’, een schreeuwerig register op hoge druk tussen Prestant en Gamba. Ook de Aliquoten op het Reciet klonken een oktaaf lager dan gebruikelijk (kwint 5 1/3’, terts 3 1/5’ en septiem 2 2/7’). Het werd een romantisch instrument met drie manualen Groot Orgel, Positief (in zwelkast) en Reciet en zelfstandig pedaal, met drie 32-voeten, gebouwd door de firma Stevens uit Duffel. Het instrument bezat ongetwijfeld kwaliteiten : stevig geconstrueerde eikenhouten windladen, goede Franse tongwerken en edele labiaalstemmen waaronder nog pijpwerk van Van Peteghem. Dit orgel werd ingehuldigd op zondag 17 februari 1924.
Flor Peeters werd in 1923, na het behalen van zijn Lemmens-Tinelprijs met de grootste onderscheiding, aangesteld als 2de organist van de Mechelse kathedraal. Wanneer hoofdorganist Oscar Depuydt in 1925 overlijdt volgt Peeters zijn leermeester op als eerste organist. Het orgel dat hij onder handen krijgt is dus het zopas besproken Stevensorgel uit 1924. Een groot deel van Peeters’ orgelmuziek werd dus voor het eerst tot klinken gebracht op dit romantische instrument en draagt er eveneens de sporen van.
Gaandeweg echter komt Flor Peeters door zijn concertpraktijk in contact met andere, nieuwe orgeltypes. Hij leert orgelbouwer Klais kenen, die in 1930 het eerste grote, moderne viermanuaals elektro-pneumatisch orgel in België bouwt, namelijk in de Christus Koningkerk te Antwerpen. Daarna volgen nog het orgel van de abdijkerk te Tongerlo en de ombouw van het orgel van het Lemmensinstituut te Mechelen. Ook kwam hij door zijn concertreizen in het buitenland (Nederland, Denemarken, Duitsland) in contact met andere orgeltypes. Deze vernieuwende beweging in de orgelbouw vertrok van een meer verticale uitbouw van de klankpiramide, daar waar in de romantiek een meer horizontale uitbouw voorop stond. Aan dit euvel leed ook het Stevensorgel uit 1924 : een groot aantal 8-voetsregisters, veel strijkers en weinig mixturen, met daarenboven aliquoten die een oktaaf te laag klonken ontnamen het orgel de glans en de helderheid die Flor Peeters leerde ontdekken en waarderen op deze nieuwe instrumenten. Vanaf 1939 rijpen er plannen voor restauratie, die echter grondig vertraagd worden door het uibreken van de oorlog.
Ondertussen gaat de exploratietocht van Flor Peeters verder en brengt hem in contact met Amerika en de Angelsaksische orgelbouw. Daar bespeelt hij grote concertinstrumenten, voorzien van allerlei speelhulpen, zodat de organist praktisch een geheel concert kon spelen zonder hulp van registranten. Daarbij kwam nog het feit dat het gebruikelijk was dat de organist (in de concertzaal in het zicht van het publiek) het hele programma van buiten speelde. Dit had voor gevolg dat de organist alleen aan zijn speeltafel zat en zich aldus volop kon concentreren op muziek en interpretatie.
Deze ervaringen hebben zeker meegespeeld toen Flor Peeters het ontwerp maakte voor het huidige orgel, ingewijd in 1958. Het Stevensorgel werd volledig omgebouwd en voorzien van een elektrische traktuur; het telde 83 registers, verdeeld over vier manualen en pedaal. Voor het registreren werd gebruik gemaakt van de toen meest moderne Amerikaanse setzercombinaties; 7 algemene, 5 afzonderlijke per klavier, een tutti-knop en een generaal-crescendo. Problemen in verband met dispositie en mensurering werden besproken met orgelbouwer Klais, terwijl de Nederlandse orgelbouwer Flentrop assisteerde voor het verloop van de mixturen. Voor de sesquialter van het onderwerk werd door Flor Peeters verwezen naar het historisch orgel van de Sint-Janskerk te Gouda. Door toedoen van Flentrop konden de mensuren van dit register bekomen en nagebouwd worden. De speeltafel werd gebouwd volgens het Angelsaksisch model, dat tussen de vele door Peeters bespeelde orgels, het meest praktische werd bevonden. Bij dit alles moest nog rekening gehouden worden met een aantal extra-muzikale beperkingen :
Sedertdien heeft het orgel geen ingrijpende transformaties meer ondergaan.
Op het hoofdwerk werden in 1989 wel nog 2 trompetregisters bijgeplaatst. Het ene register was afkomstig uit het in onbruik geraakte koororgel, en een tweede trompet (enkel in diskant) werd binnen in het orgel ‘en chamades’ geplaatst. Dit alles om het overwicht aan hoge mixturen wat beter te compenseren.
De laatste volledige stemming en grondige onderhoudsbeurt, met inbegrip van een volledige demontage en enkele herstellingen aan het pijpwerk dateert van 2000 en werd uitgevoerd door de firma Nagels in samenwerking met zaakvoerder Romy Casteels van de firma Stevens, die momenteel nog instaat voor het dagelijkse onderhoud van het orgel.